'מועצת הרבנות הראשית לישראל' דנה בישיבתה ב-ח' בטבת תשכ"ח בנוגע לחפירות המתקיימות בהר הזיתים, בקבר שמואל הנביא, ובצמוד לכותל המערבי והדרומי של מקום המקדש, והביעה מחאה על הרשיון שניתן לפרופ' מזר לחפור לכל אורך הכותל, לפני שהרבנות הראשית דנה בכך. הראשל"צ הרב ניסים הזכיר כי ראש הממשלה מסר את הסמכות בכותל המערבי לידי הרבנות הראשית, והעלה את החשש שמא ימצאו משהו בחפירות ליד הכותל המערבי ואז יעשו את המקום אתר לתיירים ויפגעו בקדושתו. בהחלטות המועצה שנשלחו לשר הדתות נכתב: "מועצת הרבנות הראשית לישראל מוחה על המעשים שנעשו [בהר הזיתים ובכותל המערבי והדרומי] שלא מדעת הרבנים הראשיים, שלהם ניתנה הסמכות על פי הכרזת ראש הממשלה על המקומות הקדושים בארץ". (ע"פ פרוטוקול ישיבת המועצה)