הרב שכטר מונה רשמית "רב הכותל המערבי והדרומי" בי"ח בטבת תשכ"ח (ינואר 1968 למניינם).
כשנכנס לתפקיד קבע תקנות להתנהלות האתר הקדוש. בין היתר, אסר על גורמים פרטיים למכור עליות לתורה, או לבקש תרומות ממבקרים ומתיירים. עוד נקבעו הסדרים לתרומת ספרי תורה ותשמישי קדושה באתר, הוצבו קופות צדקה שתוכנן חולק לעניים, ונוסד השיעור הקבוע בלימוד הדף היומי בכותל (שמתקיים עד ימינו).
במהלכיו אלו, הוא התייעץ עם הרבנים הראשיים ועם גדולי ההלכה דוגמת הרב אלישיב, הרב אויערבך והרב עובדיה יוסף. הרב שכטר קיבל בלשכתו מגוון אנשים בני עדות ודתות שונות, אירח אישי ציבור מהארץ ומהעולם והשתתף באירועים מגוונים. יכולתו ליצור קשר אישי אפשרה מציאת פתרונות יצירתיים ומתונים באתר הקדוש מכולם. כך, למשל, ליווה את החפירות בכותל, בניהולו של הארכאולוג בנימין מזר, תוך שהוא מצליח לשכך את ההתנגדות לכך מצד גורמים שונים.
בקיץ 1968, מונה הרב גץ ז"ל לתפקיד הרב הספרדי של הכותל, במקביל לרב שכטר. בכ"ט חשוון תשל"ז (1976 למנינם), בדרכו לביתו החדש ברובע היהודי לאחר שהתפלל בכותל, נפטר הרב שכטר מדום לב — והוא בן 62 בלבד. הוא זכה לשמש כרב הכותל קרוב לעשור, אך דמותו כמעט ונשכחה מדפי ההיסטוריה.
[ע"פ איילת סג"ל – יד יצחק בן צבי]