רבי עקיבא נחבש על ידי הרומאים בחודש אלול ויש אומרים ה' בתשרי. ביום הכיפורים (או ערב יום הכפורים) הוא הוצא להורג תוך כדי מסירות נפש, ונעשה לאחד מעשרת הרוגי מלכות. מקום מנוחתו בטבריה.
אמרו חז"ל: "משמת רבי עקיבא בטל כבוד התורה" (משנה סוטה ט, טו), "משמת רבי עקיבא בטלו זרועי תורה ונסתתמו מעיינות החכמה" (סוטה מט ע"ב), "משמת רבי עקיבה פסקו הדרשנין" (ירושלמי סוטה, פרק ט, טז).