בט"ז בחשון תשל"ג נערך הסכם כתוב לשם הקמת הישיבה בין "ממשלת ישראל" על ידי שר הדתות ורהפטיג, לבין "ישיבת הכותל", חתום בידי מנכ"ל הישיבה גלנט והרמ"צ נריה זצ"ל.
ב"הואיל" הראשון להסכם מופיעה מטרת הישיבה: "המטרה העיקרית של הישיבה היא, להקים, לקיים ולנהל מוסד גבוה ללימוד תורה, ולשם החדרת ידיעת התורה, ולשם הגברת אהבה לעם ישראל ומדינתו".