י"ב באדר תשס"ו (12.3.2006) – הושלמו שלוש שנות עבודה באולם התפילה תחת בנין המחכמה, שכללו עבודות שימור, תימוך ומחקר ארכיאולוגי בקשתות, בקיר המחכמה ובאבני הכותל המערבי, בהתאם להוראות המדוקדקות של רב הכותל הרב שמואל רבינוביץ שליט"א בענין זה.
על ידי פיגום שהוצב במשך למעלה משנה בקשת, חשפו את הקירות במלוא הדרן, כאשר קלפו את הבטון שהותז שם לאחר מלחמת ששת הימים, והביא לניתוק של אבנים מהקשת ולסיכון המתפללים.
כמו כן נבנתה לראשונה בחלל הקשת "עזרת נשים", זאת לאחר ששנים רבות לא היתה אפשרות לנשים להתפלל תחת מחסה בימי החורף. בנוסף, נבנה ארון קודש מרכזי מפואר במקום עשר ארונות קודש קטנים, ובתוכו מקום לכמאה ספרי תורה. שופץ חדר ספריה, הוצבו ארונות ספרים, תאורה חדשה, מיזוג אויר חימום ועוד…
חדר מיוחד נבנה עבור סופרי הסת"ם של הכותל המערבי, המטפלים במשך כל ימות השבוע בכשרות ספרי התורה, לאור השימוש הרב הנעשה בהם.
העבודות בוצעו על ידי הקרן למורשת הכותל המערבי, בליווי רב הכותל המערבי ובתמיכת הממשלה, ובסיוע תרומות של יהודים בעולם, בראשם גב' לילי ספרא אשר הרימה תרומה גדולה לעילוי נשמת בעלה, איש החסד מר אדמונד ספרא ז"ל.