בכ' בשבט תשכ"ט (1969 לסה"נ) בהיותו קרוב לגיל 80, נפטר הרב עובדיה הדאיה ראש ישיבת המקובלים בית־אל ברובע היהודי.
הרב הדאיה נמנה על זקני הרבנים בירושלים שבררו לעומק ופסקו בהלכות הכותל המערבי והר הבית כאשר חזרו להיות אקטואליות אודות לשחרור ירושלים ב'מלחמת ששת הימים'. במאמרו "בשאלת מקום השחרור" שפורסם לאחר המלחמה ('שבילין' שנה ז גליון כ) קבע הרב הדאיה כי אין לנו רשות עתה להכנס בכל שטח הר הבית, אלא עלינו להבין שיש מדרגות בקדושה: כל שטח ארץ ישראל קדוש מכל הארצות, ויותר מכך קדושתה של ירושלים עיר הקודש, ויותר מכך הר הבית, ולכן כל הקרוב לחומת הר הבית עליו להיזהר בקדושתו, וכל המרבה לסדר שם בתי כנסיות ומדרשות סביב הר הבית הרי זה משובח, ועל ידי כך תתקרב הגאולה. הרב הדאיה הביע תקוותו לגבי השטח הסמוך לכותל המערבי: "ומי יתן והיה אם היו קובעים ברחבת הכותל, בית מקדש מעט, שבו יהגו בתורה יומם ולילה, משמרות משמרות, שבזה יהיה עילוי לשכינה שלא זזה מכותל מערבי, ויתקיים בנו (מלכים-א ט, ג): "וְהָיוּ עֵינַי וְלִבִּי שָׁם כָּל הַיָּמִים", ונזכה לגאולת עולמים במהרה בימינו אמן" (מאוחר יותר נכנסו דבריו לסדרת השו"ת שלו 'ישכיל עבדי' חלק ח).