'ועדת הכותל' בראשות השופט ד"ר קיסטר, שמונתה על ידי הממשלה והרבנות הראשית לאחר שחרור הכותל, התלוננה על כך שהופקעו ממנה כל סמכויותיה, עם מינוים של 'ועדת השרים לשמירת המקומות הקדושים' – מצד הממשלה, ו'ועדת ההלכה' – מטעם הרבנות הראשית.
בי"ב במנחם־אב תשכ"ח קיימה 'ועדת הכותל' ישיבה מיוחדת בהשתתפות הראשל"צ הרב ניסים ושר הדתות ד"ר ורהפטיג. יו"ר הועדה השופט קיסטר הביע את רצון חברי הועדה להתפטר.
שר הדתות הזכיר את דברי הראשל"צ (מה' באדר תשכ"ח) אודות הצורך ברשות ביצוע דתית אחת למקומות קדושים, ובמיוחד לכותל המערבי, שתפעל בתאום מלא עם הרבנים הראשיים. לדבריו, למרות שסמכויות 'ועדת הכותל' צומצמו מאוד על ידי הרבנות־הראשית לאחר הקמת 'ועדת ההלכה' עדיין יש ערך רב לקיומה ולפעילותה, מפני ש"הבעיה של הכותל מסובכת מאוד, יש כוחות שרוצים להשתלט על המקום וצפויים מאבקים קשים בעתיד, וכיון שכבר קיימת סמכות שיש לה מעמד מקובל אין לוותר על קיומה". השר הבטיח שיעשה מאמץ לחזק את מעמדה של הועדה ויסייע לה במילוי תפקידה בכל עניין שידרש.
הראשל"צ הרב הראשי הגרא"י ניסים הביע תקווה שהועדה תמשיך לפעול בשיתוף פעולה פורה בינה לבין הרבנים הראשיים, משרד הדתות, וועדת השרים למקומות קדושים, והזכיר את החובה להביא את כל השאלות ההלכתיות לפני 'ועדת ההלכה'.
(פרוטוקול ישיבת הועדה, ארכיון המדינה)